La flûte traversière doit être complètement nettoyée à l’intérieur (chiffon normal) et à l’extérieur (chiffon microfibre) après chaque utilisation. Les instruments en argent en particulier, mais aussi les alliages d'or peu coûteux, ternissent rapidement, notamment à cause d'éventuels résidus de graisse sur la peau des mains.
Pour ce faire, retirez la tête et la patte du corps de la même manière que vous les avez assemblées. Les trois pièces sont pour le moment remises dans l'étui - c'est le moyen le plus sûr de les conserver. Enroulez un chiffon en coton autour de la tige de l'écouvillon afin que l'intérieur de l'instrument ne puisse pas être rayé. Sortez ensuite les pièces de l'étui une à une et nettoyez-les comme suit :
Des tampons sont installés dans les plateaux. Ceux-ci sont constitués d'un matériau élastique (carton, couche de feutre et peau de poisson ou boyau de mouton très fin) et ont pour tâche de fermer hermétiquement les cheminées. Les tampons sont une partie très sensible d'une flûte traversière, vous ne devez donc jamais les toucher avec vos doigts ou un chiffon de nettoyage. Certains tampons des flûtes professionnelles sont désormais fabriqués à partir de matériaux synthétiques avec moins d'atténuation sonore, une meilleure résonance et une plus grande durabilité (tampons Straubinger, tampons JS Gold, etc.).
Après un certain temps, l’argent de la plupart des flûtes traversières noirci à certains endroits. Vous pouvez nettoyer soigneusement votre instrument avec un chiffon de nettoyage pour argent. Mais vous ne devriez pas le faire trop souvent, car une partie de l'argenture sera toujours retirée. Éloignez-vous des plateaux lors du polissage, elles se plient très facilement et il y a de petits ressorts et axes à proximité qui sont faciles à plier. Faites faire cela par un professionnel.
Les flûtes traversières ont une mécanique fine qui doit être huilée et réglée. Les tampons sont remplacés lorsqu'ils sont usés. Il ne faut pas laisser une flûte traversière assemblée trop longtemps, sinon elle accumulerait de la poussière, voire de la rouille. Il faut éviter de laisser l'instrument vers une fenêtre ouverte, au soleil ou sur un radiateur, car la peau des tampons réagit aux variations de température et d'humidité. De plus, les chiffons de nettoyage ne doivent pas être rangés dans l'étui de l'instrument, car la flûte traversière accumulerait alors plus rapidement la poussière et les tampons absorberaient l'humidité et en souffriraient.